Esta república se subdividió en tres grupos claramente definidos:
a) INDIOS NOBLES: eran en primer lugar, los descendientes de los incas y, en segundo lugar, los curacas. Los primeros vivían integrados en sus panacas gentilicias, asentados mayormente en la ciudad del Cusco y alrededores, conservaban el prestigio de su sangre real, algo de oro y poder solo entre los de su raza. Vivían en moradas propias, calzaban el uso ancestral. Sin embargo poco a poco fueron añadiendo prendas españolas a su atuendo. Moraban en los barrios de la ciudad (Belén, Santiago, Santa Ana, San Cristóbal y San Blas) y eran alcaldes, alféreces y regidores de sus cabildos. Se casaban con mujeres de otra panaca, tenían algunas propiedades rurales, también poseían ganados, solían otorgar testamento y se enterraban en lugares preferenciales en las iglesias.
El saberse descendientes de los incas fue su mayor lazo de unión, empero dieron pie a que subsistieran las antiguas desavenencias políticas, vale decir, no perdonando las enemistades ancestrales, comportándose en ocasiones como verdaderos adversarios.
En similar situación estuvieron los curacas, pero en distinto plano, teniendo muchos privilegios y prerrogativas.
b) INDIOS PRÓSPEROS: constituyeron un grupo intermedio ente los indios nobles y los indios del común. Nunca fueron opulentos, pero si solventes frente a los indios del común. Fueron artesanos (tejedores, carpinteros, ceramistas, plateros, pintores, escultores, curadores) y mercaderes (no siempre mercaban por dinero, preferentemente permutaron lana, algodón, ropa, chaquira, maíz y pescado seco).
Unos y otros, carecían de tierras, moraban en la ciudad y vivían de lo que ganaban de su trabajo. Vestían y llevaban el cabello cortado al uso español pero lo hacían para no ser identificados por su traje o peinado y, a raíz de ello, devueltos a sus pueblos en calidad de tributarios. De este modo, ocultaban su procedencia, alegando que habían sido traídos a la ciudad siendo muy pequeños y que no tenían noticia de su ayllu, curaca ni corregidor. La consecuencia era simple: se quedaban en la ciudad.
c) INDIOS DEL COMÚN: eran los tributarios o indios de encomienda que vivían en las “reducciones” toledanas. Guaman Poma los retrata hablando únicamente el quechua, vistiendo prendas populares del Ande y calzando ojotas de cuero de llama. Son agricultores, si bien en particular saben hacer de todo. Registrados por el cura en los libros parroquiales, vigilados por el curaca y gobernados por el corregidor, fueron los mitayos y obrajeros quienes soportaban el peso de la abusiva economía colonial.