La gestión del virrey en el Cusco, se sintetiza de la siguiente manera:
a) Fundó y erigió la Parroquia del Apóstol Santiago el Mayor, sobre el barrio incaico de Chaquilchaca.
b) Confirmó las parroquias ya existentes y redujo a los indios (andinos) en ellas, dictando ordenanzas para su mejor ejecución.
c) El 30 de julio de 1571, con acuerdo del Cabildo de la ciudad, proveyó auto, para hacer la guerra a Túpac Amaru, que estaba en los interiores de Vilcabamba.
d) Formó un pequeño ejército, para capturar a Túpac Amaru, logrando detenerlo y ordenó su ejecución, hecho que se realizó en la misma plaza principal de Cusco. Los familiares y allegados de Túpac Amaru, fueron deportados, murieron casi todos en cortísimo tiempo, por el maltrato.
e) Para consolidad posesión en Vilcabamba, por provisión de 30 de julio de 1572, dio título de Gobernador, Capitán General y Justicia Mayor, a don Martín Hurtado de Arbieto, con facultad para fundar pueblos.
f) Instituyó en forma general el REGIMEN DE LAS REDUCCIONES, para la zona y todo el reino.
g) El 03 de agosto de 1571, ordenó la conducción de agua de consumo para Cusco, desde el arroyo grande de Chinchero.
h) Reglamentó la actividad de los regatones o revendedores, y señaló sanciones para los infractores. Prohibió a los regatones, que fiaran bajo prenda a los indígenas.
i) Ordenó y mandó que no haya en la ciudad del Cusco, más de cuatro procuradores, elegidos por la ciudad y ninguna otra persona que lo pueda usar.
j) Dispuso que los oficiales mecánicos, más sastres, zapateros, herreros, albéitares y herradores, tengan arancel en su puerta, para no hacer cobros indebidos.
k) Reglamentó la venta común de la chicha, para evitar borracheras de indios, negros y mulatos, considerando que todas las idolatrías se hacen borracheras.
