A partir del año 1821, cuando el General José de San Martín, tomó la ciudad de Lima, el poder español, buscó refugio en la zona sur andina, tomando a la Ciudad de Cusco como última bastión de la corona española, por parte del Virrey don José de la Serna.
Precisamente, el 05 de noviembre de 1821, la Audiencia Constitucional del Cusco, invitó al Virrey a trasladar su capital al Cusco, llegando a la capital incaica el 29 de diciembre de 1821. tomando como residencia la Casa del Almirante, para luego retirarse al valle de Yucay, para preparar una contraofensiva hacia las huestes de Simón Bolívar.
Junto a la llegada de la Serna, llegaron aportes españoles como: la imprenta y la casa de la moneda.
Con la finalidad de afrontar la guerra contra el ejército libertador, la Serna, tomó varias medidas, que a continuación de mencionan:
- El 22 de octubre de 1822, La Serna, estableció la requisa, bajo pena de multa de 400 pesos, por cada arma que alguno escondiese, de todos los fusiles, escopetas y sables de caballería, de cualquier clase.
- El 09 de julio de 1823, estableció que toda persona que mantuviera, directa o indirectamente comunicación con el enemigo, sería considerada como espía y juzgada militarmente.
- En 1823, decretó un cupo de 40,000 pesos, que tenían que pagar todas las personas con recursos económicos, tanto civiles como eclesiásticos, cuyas rentas o curatos excedían de 2,000 pesos.
- el 15 de febrero de 1823, los comerciantes del cercado de Cusco, aportaron 17,075 pesos, 398 vecinos de todos los partidos de la Intendencia del Cusco, aportaron 22, 925 pesos.
- El 29 de abril de 1823, se decretó, un cupo, para los comerciantes del Cusco, bajo la capa de impuesto "voluntario", que debía producir 20,000 pesos.
- el 04 de junio de 1823, se decretó un impuesto o contribución sobre haciendas y tierras de propiedad y usufructo privados, produciendo un ingreso de 50,804.5 pesos.
- el 20 de febrero de 1824, se decretó un segundo cupo de 20,000 pesos, que debían pagar los comerciantes del Cusco, para cubrir el presupuesto del ejército del norte.
- Se obligó a los indígenas e indo-mestizos de Cusco, a incorporarse, a sus filas como soldados.
Una vez, armado el ejército español, partieron de cusco, aproximadamente 9,000 soldados, hacia los campos de la Quinua, en Ayacucho, para enfrentarse, a las huestes del ejército libertador. siendo derrotado la Serna, definitivamente y de esta manera iniciar una nueva etapa en la ciudad de Cusco, que analizaremos más adelante.
